企业有一个税种未申报，不会被列入非正常户

《关于做好国税地税征管体制改革过渡期有关税收征管工作的通知》规定：

新税务机构要统筹做好税务登记的确认、变更、注销和停复业等工作，实现税务登记事项一窗办理，内部信息共享共用。对当期有任一税种申报记录的纳税人，新税务机构不得将其认定为非正常户。对纳税人在原国税、地税机关户籍管理状态不一致的，新税务机构应当根据纳税人实际情况按规定处理，保持同一纳税人状态的一致性。

具体咨询税务机关。